Pengadilan Negeri Semarang tidak hanya berfungsi sebagai peradilan umum yang menangani perkara perdata dan pidana, tetapi juga memiliki pengadilan-pengadilan khusus yang dibentuk di lingkungan peradilan umum. Hal tersebut dimungkinkan berdasarkan Pasal 15 UU No. 4 Tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman:

Pengadilan khusus hanya dapat dibentuk dalam salah satu lingkungan peradilan. Pada Pengadilan Negeri Semarang terdapat dua pengadilan khusus, yaitu Pengadilan Niaga dan Pengadilan Hubungan Industrial. Setiap pengadilan khusus ini memiliki kompetensi absolute dan relative untuk mengadili perkara berdasarkan Undang-Undang yang membentuknya. Wilayah hukum pengadilan-pengadilan khusus pada Pengadilan Negeri Semarang adalah sebagai berikut :

• Pengadilan Niaga

1. Propinsi Jawa Tengah
2. Daerah Istimewa Yogyakarta

• Pengadilan Hubungan Industrial

1. Propinsi Jawa Tengah

• Pengadilan Tindak Pidana Korupsi

1. Propinsi Jawa Tengah

Pembentukan Pengadilan Khusus pada Pengadilan Negeri Semarang

Pengadilan Niaga

Pengadilan Niaga didirikan pada tahun 1998 dimana pada awalnya Pengadilan Niaga terbatas hanya mengadili perkara berdasarkan Undang-Undang Kepailitan yang baru. Tetapi pada tahun 2001, terjadi perluasan yang mencakup kewenangan untuk mengadili perkara Hak Atas Kekayaan Intelektual (HAKI), meliputi kewenangan memeriksa sengketa merek, paten, hak cipta, desain industri, dan desain tata letak sirkuit terpadu.

Pengadilan Niaga pertama kali dibentuk di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat berdasarkan Pasal 306 Undang-Undang No. 37 Tahun 2004 jo Undang-Undang No. 4 Tahun 1998 jo Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-Undang No. 1 Tahun 1998 tentang Kepailitan. Berdasarkan Keputusan Presiden No. 97 tahun 1999 didirikan Pengadilan Niaga di Makassar, Surabaya, Semarang dan Medan. Perluasan pengembangan Pengadilan Niaga dilihat dari eksistensinya yaitu sebagai Pengadilan yang memutus perkara-perkara Kepailitan/Penundaan Kewajiban Pembayaran Utang (PKPU) dan Perkara HAKI. Pembentukan Pengadilan Niaga membawa beberapa pembaruan, sebagai contoh adanya standar waktu penyelesaian perkara dan diperkenalkannya hakim Ad Hoc. Pengadilan Niaga juga merupakan Pengadilan pertama yang memberikan kewenangan bagi hakimnya untuk mengajukan pendapat yang berbeda atau dissenting opinion dalam putusan. Selebihnya, karena Pengadilan Niaga merupakan bagian dari Pengadilan Negeri maka Ketua Pengadilan serta Panitera Pengadilan juga bertindak sebagai Ketua Pengadilan dan Panitera Pengadilan Niaga. Namun, hakim yang menangani perkara niaga merupakan Hakim Karir yang khusus ditunjuk atau ditugaskan untuk itu. 5 dari 20 hakim karir di Pengadilan Negeri Semarang telah ditunjuk khusus oleh Ketua Mahkamah Agung sebagai Hakim Pengadilan Niaga Semarang pada tahun 2007. Untuk dapat ditunjuk sebagai hakim niaga, seseorang harus telah memenuhi persyaratan-persyaratan khusus sebagaimana telah ditentukan dalam Undang-Undang yaitu:

1. Memiliki pengalaman sebagai hakim di Pengadilan Negeri
2. Memiliki keahlian di bidang perkara niaga
3. Memiliki kejujuran, integritas tinggi, dan keinginan untuk menegakkan keadilan
4. Tidak melakukan kegiatan yang tidak bermoral
5. Telah mengikuti pelatihan yang dirancang khusus untuk membimbing para hakim dalam melakukan tugasnya

Selain menangani perkara niaga, hakim niaga juga tetap menangani perkara-perkara umum (pidana dan perdata) yang masuk ke Pengadilan Negeri Semarang.

Sementara itu, hakim Ad-Hoc adalah seseorang yang bukan hakim Pengadilan Negeri, namun memiliki keahlian dalam menangani perkara niaga dan memenuhi persyaratan yang telah ditentukan untuk ditugaskan di Pengadilan. Seseorang yang menjabat sebagai hakim Ad-Hoc dapat merupakan pejabat pemerintah, pengacara, akademisi hukum atau pensiunan hakim. Posisi hakim Ad Hoc ini dirancang untuk menambah seseorang yang ahli dalam bidang-bidang khusus yang terkait dengan perkara niaga, ke dalam Majelis Hakim yang menangani perkara niaga. Hakim Ad-Hoc diangkat oleh Presiden RI dengan Keputusan Presiden, berdasarkan rekomendasi atau usul dari Ketua Mahkamah Agung. Hakim Ad-Hoc diangkat untuk masa jabatan 3 (tiga) tahun dan dapat diangkat kembali untuk satu periode berikutnya. Mereka dapat ditugaskan pada Pengadilan di tingkat pertama, kasasi atau peninjauan kembali.

Ketua Pengadilan Niaga dapat menunjuk hakim Ad-Hoc untuk menjadi anggota majelis dalam menangani perkara. Pengacara dari pihak dalam perkara niaga juga dapat meminta Ketua Pengadilan Niaga untuk memasukkan hakim Ad-Hoc ke dalam Majelis Hakim.

Pengadilan Hubungan Industrial

Pengadilan Hubungan Industrial adalah Pengadilan khusus yang dibentuk di lingkungan peradilan umum yang berwenang mengadili dan menyelesaikan perselisihan hubungan industrial berdasarkan Undang-Undang No.2 Tahun 2004 tentang Penyelesaian Perselisihan Hubungan Industrial. Beroperasinya Pengadilan Hubungan Industrial memiliki perubahan yang cukup mendasar, diantaranya adalah:

 Penyelesaian perselisihan hubungan industrial yang selama ini berada di bawah lingkup wilayah eksekutif, kini menjadi bagian dari sistem peradilan di bawah kekuasaan yudikatif;

 Hukum acara Pengadilan Hubungan Industrial mengikuti hukum acara perdata yang berlaku pada Pengadilan dalam lingkungan peradilan umum, kecuali ditentukan lain dalam Undang-undang No. 2 Tahun 2004 tentang Penyelesaian Perselisihan Hubungan Industrial.

Pengadilan Hubungan Industrial dibentuk pada bulan Januari 2006 pada Pengadilan Negeri Semarang, dan begitu juga pada Pengadilan-Pengadilan Negeri yang lain disetiap Ibukota Propinsi di Indonesia. Pembentukan Pengadilan Hubungan Industrial seharusnya dilakukan pada awal tahun 2005 tapi ditunda berdasarkan Keputusan Presiden No. 1 Tahun 2005 tentang Penangguhan Mulai Berlakunya Undang-undang No. 2 Tahun 2004, untuk menambah waktu semua persiapan yang dibutuhkan oleh pemerintah dan institusi lain yang terkait.

Adanya Pengadilan Hubungan Industrial menambah jumlah Pengadilan khusus yang berada di Pengadilan Negeri Semarang. Pengadilan Hubungan Industrial juga membawa perubahan pada struktur organisasi Pengadilan Negeri, yaitu dengan diperkenalkannya Sub Kepaniteraan Pengadilan Hubungan Industrial yang dipimpin oleh seorang Panitera Muda dan dibantu oleh beberapa orang Panitera Pengganti. Panitera Muda Hubungan Industrial berada sejajar dengan Panitera Muda Pidana, Perdata dan Hukum yang ada di Pengadilan Negeri. Selain itu sebagaimana halnya dengan Pengadilan Niaga dan Pengadilan Tindak Pidana Korupsi, Pengadilan Hubungan Industrial juga memiliki Hakim Ad Hoc untuk menjadi bagian dari Majelis yang memeriksa perkara. Hakim Ad Hoc diajukan oleh Ketua Mahkamah Agung dari nama-nama yang diajukan oleh Menteri Tenaga Kerja atas usul Serikat Pekerja/Serikat Buruh dan Organisasi Pengusaha. Pengangkatan Hakim Ad Hoc tersebut ditetapkan oleh Keputusan Presiden.

Satu hal lain yang diperkenalkan oleh Pengadilan Hubungan Industrial adalah dalam berperkara di Pengadilan Hubungan Industrial, pihak-pihak yang berperkara dengan nilai gugatan dibawah Rp. 150.000.000,- (seratus lima puluh juta rupiah) tidak dikenakan biaya perkara termasuk biaya eksekusi.